nanoは基本的なエディタで、ワークショップで講師が使用するデフォルトのエディタです。 Gitと一緒にインストールされます。
2025年8月5日（火）と6日（水）
10:00 - 17:00 (JST)
インストラクター: 西田 孝三
ヘルパー: 後藤 直久
The Carpentriesプロジェクトは、 インストラクター、トレーナー、メンテナンス担当者、ヘルパー、およびサポーターで構成される Software Carpentry、 Data Carpentry、Library Carpentry の コミュニティから成り立っており、「研究者に基本的な計算科学とデータサイエンスのスキルを教える」という使命を共有しています。
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Software Carpentryは、基本的な研究計算スキルを教えることによって、研究者がより少ない時間と苦痛で仕事を終えられるようにすることを目指しています。 この実践的なワークショップでは、プログラム設計、バージョン管理、データ管理、タスク自動化を含む基本的な概念とツールについてカバーします。 参加者は互いに助け合い、学んだことを自身の研究課題に応用することが奨励されます。
私たちが何を教え、なぜ教えるのかの詳細については、 私たちの論文「科学計算のベストプラクティス」をご覧ください。
対象: 研究者（大学院生、教員） 本ワークショップで勉強するツール（ソフト）の経験を問いません。
登録: Connpassから登録して下さい。
場所: 大阪大学 微生物病研究所 融合型生命科学総合研究棟 1階 谷口記念講堂. OpenStreetMap か Google Mapsで場所を確認する.
日程: 2025年8月5日（火）と6日（水）. Googleカレンダーに追加.
参加条件: 参加者は、管理者権限を持つ Mac/Linux/Windows OSを搭載した ノートパソコン（タブレットや Chromebook などではなく）を持参する必要があります。 いくつかの特定のソフトウェアパッケージ（ 下部の「セットアップ」以降の Bash, Git, Text Editor, R）をインストールしてください。
アクセシビリティ: 私たちは、このワークショップへのアクセシビリティを約束します。 ワークショップの主催者は次のことを確認しています：
事前に主催者に連絡することで、必要に応じて事前に資料を配布したり、 拡大印刷した配布資料を用意したりしています。 学習を容易にするためのお手伝い（例：手話通訳者や授乳施設など）が必要な場合は、 下記連絡先までご連絡ください。
連絡先: 講習内容に関する問い合わせは knishida@riken.jp 、会場に関する問い合わせは ngoto@gen-info.osaka-u.ac.jp にメールをお送りください。
役割: ワークショップでの役割（誰が何をするのか）を知るには、 ワークショップ のFAQをご参照ください。
カーペントリーズの活動に参加するすべての人は、行動規範を遵守しなければなりません。 この文書には、必要に応じてインシデントが発生した場合の報告方法の概要も記載されています。
このコラボレイティブ・ドキュメントを使って、 チャット、メモの作成、URLとコードの一部の共有を行います。
アンケートにお答えください。
JSBiへの入会をご検討いただけますと幸いです。
| 10:00 | 概要とセットアップ |
| 10:20 | スプレッドシートを使用したデータ整理 |
| 11:00 | RとRStudio |
| 12:00 | 昼休み |
| 13:00 | データから始める |
| 14:45 | 休憩 |
| 15:00 | dplyrによるデータの操作と分析 |
| 16:00 | データの可視化 |
| 17:00 | 終了 |
| 10:00 | Bioconductorの概要 |
| 10:40 | Bioconductor パッケージのインストール |
| 11:00 | 休憩 |
| 11:10 | ヘルプの取得 |
| 12:00 | 昼休み |
| 13:00 | BioconductorにおけるS4クラス |
| 13:10 | 生物学的配列の取り扱い |
| 14:00 | Genomics ranges の取り扱い |
| 15:00 | 休憩 |
| 15:10 | アノテーションの取り扱い |
| 16:00 | SummarizedExperiment クラス |
| 17:00 | 終了 |
以上のスケージュルは目安で、実際の内容とは異なることがあります。
ワークショップの教材はこちらから見ることができます：R と Bioconductor によるデータ分析入門、Bioconductor プロジェクト。
ワークショップのスライドはこちらから見ることができます。
ソフトウェア・カーペントリー のワークショップに参加するためには、 以下のソフトウェアにアクセスできる必要があります。 さらに、最新のWebブラウザが必要になります。
講師向けの参考資料として、 「構成の問題と解決策」のwikiページ上で、インストール中に発生しがちな問題のリストを管理しています。
なお、インストールの説明は現時点、英語のみとなっています（翻訳に貢献したい方は是非インストラクターまでご連絡お願いします（knishida@riken.jp）。
2025年7月23日追記 BashシェルとGitのセットアップ項目は本ワークショップには必須ではないため削除しました。既にインストールされた方へ: BashやGitは有用なので残しておいて頂いて問題ありません。アンインストールの必要はありません。
コードを書くときには、キーワードの自動カラーコード化など、コードの記述に最適化されたテキストエディタがあると便利です。 macOSとLinuxのデフォルトのテキストエディタは通常Vimに設定されていますが、Vimは直感的であることで有名ではありません。 もしうっかりVimに入ってしまった場合は、Escキーを押し、その後:+Q+! （コロン、小文字の 'q'、感嘆符）を押し、Returnキーを押すと、シェルに戻ることができます。
nanoは基本的なエディタで、ワークショップで講師が使用するデフォルトのエディタです。 Gitと一緒にインストールされます。
nanoは基本的なエディタで、ワークショップで講師が使用するデフォルトのエディタです。 nanoの開き方については、Gitインストールのビデオチュートリアルを参照してください。 事前にインストールされているはずです。
nanoは基本的なエディタで、ワークショップで講師が使用するデフォルトのエディタです。 事前にインストールされているはずです。
Rは、データの探索、可視化、統計分析に特に強力なプログラミング言語です。Rと対話するには、RStudioを使用します。
この.exeファイルを CRANからダウンロードして実行することでRをインストールします。 また、RStudio IDEもインストールしてください。 ユーザーアカウントと管理者アカウントが別々の場合、インストーラーを管理者として実行してください（.exeファイルを右クリックして「管理者として実行」を選択）。そうしないと、後でRパッケージのインストール時などに問題が発生する可能性があります。
この.pkgファイルを CRANからダウンロードして実行することでRをインストールします。 また、RStudio IDEもインストールしてください。
各種Linuxプラットフォーム（Debian、Fedora、Redhat、Ubuntu）でのRインストール手順は
<https://cran.r-project.org/bin/linux/>に記載されています。これには、パッケージマネージャーを使用する指示が含まれています（例：Fedoraの場合はsudo dnf install Rを実行、Debian/Ubuntuの場合はppaリポジトリを追加した後にsudo apt-get install r-baseを実行します）。
また、RStudio IDEもインストールしてください。