第1回 Bioconductor Carpentries 日本語 ワークショップ

大阪大学 微生物病研究所 2025-08-05 ~ 06

https://bioconductor-translations.github.io/2025-08-05-osaka-slides/

アウトライン

  • スタッフの自己紹介、JSBiの紹介等
  • Bioconductor と The Carpentries の紹介
  • ワークショップの流れ
  • アイスブレーカー

スタッフの自己紹介

西田 孝三(インストラクター)

  • 理化学研究所 生命機能科学研究センター 技師

  • 趣味:オープンソース・オープンサイエンスコミュニティに貢献すること

  • プロジェクト: Bioconductor パッケージ作成・コミュニティ管理

後藤 直久(ヘルパー)

  • 大阪大学 微生物病研究所 講師

  • 研究: ゲノムレベルの遺伝情報解析

  • プロジェクト: BioRuby

行動規範

どなたでも気兼ねなくワークショップに参加できるように、行動規範があります。

行動規範に反する行為があった場合は、インシデントレポートフォームで報告することができます。

JSBiについて

準備

Bioconductor の紹介

Bioconductorとは?

  • バイオインフォマティクスのためのRパッケージの集合体(多くのRパッケージがBioconductorに登録されており、研究目的に応じたツールが多数揃っている)
  • 再現可能な解析(コードとドキュメントがセットで提供されるため、解析の再現性が高い)
  • 専門性の高いデータ構造(SummarizedExperimentGRanges など、バイオデータ特有の構造に適したクラス設計がされている)

The Carpentries の紹介

問題

  • 研究者は近年、コードを使うことが必要不可欠になっています。

  • 多くの研究者は独学でコードを学びます。

  • しかし、効率があまり良くありません。

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The Carpentries の解決法

  • 研究者がコミュニティを作り、互いに教え合います。

  • 2日間にわたるワークショップで、2〜3つのレッスンを学びます。

https://software-carpentry.org/

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ワークショップ

  • 誰でも参加可能

  • 無料または少額で提供

  • ワークショップの指導には資格が必要です。

  • 改善のためのフィードバックを重視します。

世界各国で実施

日本ではまだ始まったばかり

参加者大募集中!

ワークショップの流れ

内容

上記のリンクからレッスンの内容にアクセスできます
(PLaMo翻訳による翻訳が含まれています)

ワークショップの流れ

  • ライブコーディング

ライブコーディングとは?

  • インストラクターが入力するコードを、同時に自分のパソコンで入力します。

  • コードを理解することを最優先してください
    (メモを取るよりも)。

ライブコーディングとは?

  • インストラクターは参加者の理解を確認します
    (例:「〜ができましたか?」)

  • 理解できている場合は、Zoom ウェビナーのリアクションでポジティブなリアクションを行ってください。

  • 困ったことがある場合は、 Zoom ウェビナーのリアクションでネガティブなリアクションを行ってください。

    • インストラクター/ヘルパーが質問に応じます。



インストラクターが聞かなくても、何か問題があった時は声をかけてください

コラボレイティブ・ノート

Google Docsにコードを貼っておきます。

  • インストラクターが進みすぎてコードが見えなくなった場合は、Google Docsのメモを参照してください。
    • 参加者も自由に書き込んでください。

フィードバックの種類

集合写真

  • 「公開しても大丈夫」という方は、ぜひご協力ください。

  • 後ろから撮影した集合写真を公開する場合があります。もし公開を希望されない場合は、お知らせください。

アイスブレーカー

  • 初対面の人同士が集まる場や、会議やセミナーなど、緊張した雰囲気の中で、参加者同士がリラックスしてコミュニケーションを取りやすくするために行う、場を和ませる活動のこと

  • 現地限定になりますが、簡単に参加者にも自己紹介お願いできればと。