Bioconductor で RNA-seq 解析を学ぶ

京都三大学教養教育研究・推進機構 稲盛記念会館 講義室101 (主催: Bioconductor Carpentries 日本語ワークショップ 世話人一同, 共催: 日本バイオインフォマティクス学会[JSBi])

2025年9月11日(木)と12日(金)

10:00 - 17:00 (JST)

インストラクター: 西田 孝三

ヘルパー: 福島 敦史

基本情報

The Carpentriesプロジェクトは、 インストラクター、トレーナー、メンテナンス担当者、ヘルパー、およびサポーターで構成される Software CarpentryData CarpentryLibrary Carpentry の コミュニティから成り立っており、「研究者に基本的な計算科学とデータサイエンスのスキルを教える」という使命を共有しています。

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Software Carpentryは、基本的な研究計算スキルを教えることによって、研究者がより少ない時間と苦痛で仕事を終えられるようにすることを目指しています。 この実践的なワークショップでは、プログラム設計、バージョン管理、データ管理、タスク自動化を含む基本的な概念とツールについてカバーします。 参加者は互いに助け合い、学んだことを自身の研究課題に応用することが奨励されます。

私たちが何を教え、なぜ教えるのかの詳細については、 私たちの論文「科学計算のベストプラクティス」をご覧ください。

対象: 研究者(大学院生、教員) 本ワークショップで勉強するツール(ソフト)の経験を問いません。

登録: Connpassから登録して下さい。

場所: 京都市左京区下鴨半木町1-5. OpenStreetMapGoogle Mapsで場所を確認する.

日程: 2025年9月11日(木)と12日(金). Googleカレンダーに追加.

参加条件: 参加者は、管理者権限を持つ Mac/Linux/Windows OSを搭載した ノートパソコン(タブレットや Chromebook などではなく)を持参する必要があります。 いくつかの特定のソフトウェアパッケージ( 下部の「セットアップ」以降の R)をインストールしてください。

アクセシビリティ: 私たちは、このワークショップへのアクセシビリティを約束します。 ワークショップの主催者は次のことを確認しています:

事前に主催者に連絡することで、必要に応じて事前に資料を配布したり、 拡大印刷した配布資料を用意したりしています。 学習を容易にするためのお手伝い(例:手話通訳者や授乳施設など)が必要な場合は、 下記連絡先までご連絡ください。

連絡先: 講習内容に関する問い合わせは knishida@riken.jp 、会場に関する問い合わせは afukushima@kpu.ac.jp にメールをお送りください。

役割: ワークショップでの役割(誰が何をするのか)を知るには、 ワークショップ のFAQをご参照ください。


行動規範

カーペントリーズの活動に参加するすべての人は、行動規範を遵守しなければなりません。 この文書には、必要に応じてインシデントが発生した場合の報告方法の概要も記載されています。


コラボレイティブ・ノート

このコラボレイティブ・ドキュメントを使って、 チャット、メモの作成、URLとコードの一部の共有を行います。


アンケート

アンケートにお答えください。

JSBiのアンケート(事後)


JSBiへの入会案内

JSBiへの入会をご検討いただけますと幸いです。

スケジュール

9月11日(木)

午前10:00~ ワークショップ概要
RNA-seq解析の基礎
RStudioプロジェクトおよび実験データについて
午後 R環境への定量データのインポートとアノテーション処理
探索的分析と品質管理
17:00 終了

9月12日(金)

午前10:00~ DE解析
Design matrices のさらなる探索
午後 Gene Set エンリッチメント解析
17:00 終了

以上のスケージュルは目安で、実際の内容とは異なることがあります。

お昼休憩等の際の飲食店マップは こちら をご参照ください。


教材

ワークショップの教材は、 Bioconductorを用いたRNA-seq解析 、から見ることができます。 (翻訳中。翻訳更新状況は こちらから確認いただけます。)


セットアップ

ソフトウェア・カーペントリー のワークショップに参加するためには、 以下のソフトウェアにアクセスできる必要があります。 さらに、最新のWebブラウザが必要になります。

講師向けの参考資料として、 「構成の問題と解決策」のwikiページ上で、インストール中に発生しがちな問題のリストを管理しています。

なお、インストールの説明は現時点、英語のみとなっています(翻訳に貢献したい方は是非インストラクターまでご連絡お願いします(knishida@riken.jp)。

R

Rは、データの探索、可視化、統計分析に特に強力なプログラミング言語です。Rと対話するには、RStudioを使用します。

この.exeファイルCRANからダウンロードして実行することでRをインストールします。 また、RStudio IDEもインストールしてください。 ユーザーアカウントと管理者アカウントが別々の場合、インストーラーを管理者として実行してください(.exeファイルを右クリックして「管理者として実行」を選択)。そうしないと、後でRパッケージのインストール時などに問題が発生する可能性があります。

ビデオチュートリアル

この.pkgファイルCRANからダウンロードして実行することでRをインストールします。 また、RStudio IDEもインストールしてください。

ビデオチュートリアル

各種Linuxプラットフォーム(Debian、Fedora、Redhat、Ubuntu)でのRインストール手順は <https://cran.r-project.org/bin/linux/>に記載されています。これには、パッケージマネージャーを使用する指示が含まれています(例:Fedoraの場合はsudo dnf install Rを実行、Debian/Ubuntuの場合はppaリポジトリを追加した後にsudo apt-get install r-baseを実行します)。 また、RStudio IDEもインストールしてください。