Résumé et Mise en Place

About this course

Prerequisites

  • Familiarity with tabular data and spreadsheets.

  • Veuillez vous assurer d’avoir accès à un tableur, tel que LibreOffice, Microsoft Excel ou Google Sheets.

  • Installez R, RStudio et les packages (voir ci-dessous).

R et RStudio

  • R et RStudio sont des programmes a télécharger separemment et demandent des installations distincts. R est l’environnement de calcul statistique sous-jacent, mais utiliser R seul peut être pénible. RStudio est un environnement de développement graphique intégré (IDE) qui rend l’utilisation de R beaucoup plus simple et plus interactive. Vous avez besoin d’ installer R avant d’installer RStudio. Après avoir installé les deux programmes, vous devrez installer des paquets R spécifiques depuis RStudio. Suivez les instructions ci-dessous pour votre système d’exploitation, puis suivez les instructions pour installer des paquets.

You are running Windows


  • Ouvrez RStudio et cliquez sur « Aide » > « Rechercher les mises à jour ». Si une nouvelle version est disponible, quittez RStudio et téléchargez la dernière version de RStudio.

  • Pour vérifier quelle version de R vous utilisez, démarrez RStudio et la première chose qui apparaît dans la console indique la version de R que vous exécutez. Alternativement, vous pouvez taper sessionInfo(), qui affichera également quelle version de R est installée. Allez sur le site Web du CRAN et vérifiez si une version plus récente est disponible. Si c’est le cas, veuillez le télécharger et l’installer. Vous pouvez consulter ici pour plus d’informations sur la façon de supprimer les anciennes versions de votre système si vous souhaitez le faire.

  • Suivez les étapes décrites dans les instructions pour tout le monde en bas de cette page.

  • Download R from the CRAN website.

  • Run the .exe file that was just downloaded

  • Go to the RStudio download page

  • Under All Installers select RStudio xxxx.yy.zz-uuu.exe - Windows 10/11 (where x, y, z, and u represent version numbers)

  • Double click the file to install it

  • Once it’s installed, open RStudio to make sure it works and you don’t get any error messages

  • Follow the steps in the instructions for everyone at the bottom of this page.

You are running macOS


  • Open RStudio, and click on “Help” > “Check for updates”. If a new version is available, quit RStudio, and download the latest version for RStudio.

  • To check the version of R you are using, start RStudio and the first thing that appears on the terminal indicates the version of R you are running. Alternatively, you can type sessionInfo(), which will also display which version of R you are running. Go on the CRAN website and check whether a more recent version is available. If so, please download and install it.

  • Follow the steps in the instructions for everyone at the bottom of this page.

  • Download R from the CRAN website.

  • Select the .pkg file for the latest R version

  • Double click on the downloaded file to install R

  • It is also a good idea to install XQuartz (needed by some packages)

  • Go to the RStudio download page

  • Under All Installers select RStudio xxxx.yy.zz-uuu.dmg - macOS 10.15+ (where x, y, z, and u represent version numbers)

  • Double click the file to install RStudio

  • Once it’s installed, open RStudio to make sure it works and you don’t get any error messages.

  • Follow the steps in the instructions for everyone at the bottom of this page.

You are running Linux


  • Follow the instructions for your distribution from CRAN, they provide information to get the most recent version of R for common distributions. For most distributions, you could use your package manager (e.g., for Debian/Ubuntu run sudo apt-get install r-base, and for Fedora sudo yum install R), but we don’t recommend this approach as the versions provided by this are usually out of date. In any case, make sure you have at least R 4.2.0.
  • Go to the RStudio download page
  • Under All Installers select the version that matches your distribution, and install it with your preferred method (e.g., with Debian/Ubuntu sudo dpkg -i rstudio-xxxx.yy.zz-uuu-amd64.deb at the terminal).
  • Once it’s installed, open RStudio to make sure it works and you don’t get any error messages.
  • Follow the steps in the instructions for everyone

For everyone

After installing R and RStudio, you need to install a couple of packages that will be used during the workshop. We will also learn about package installation during the course to explain the following commands. For now, simply follow the instructions below:

  • Start RStudio by double-clicking the icon and then type:

R 

install.packages(c("BiocManager", "remotes"))
BiocManager::install(c("tidyverse", "SummarizedExperiment", "hexbin",
                       "patchwork", "gridExtra", "lubridate"))