Summary and Setup
このレッスンでは、Bioconductorプロジェクトの紹介を行います。
Bioconductorプロジェクトを良く理解することは、RとRStudioを用いてオミクスデータの分析と可視化のためにBioconductorパッケージを効率的に使用するための基盤となります。
私たちは、ワークフローを作成し、分析を実行するためにBioconductorおよび他のリポジトリからRパッケージをダウンロードしてインストールします。 そのために、まず分析に関連する利用可能なパッケージを特定し、それらのドキュメントから、著作者が意図した方法で使用するためのベストプラクティスを学びます。 再現性のために、各分析を実行するために使用されるパッケージのバージョンを特定し、追跡することが重要です。
時々、私たちが使用するパッケージにバグが発生することがあります。 バグを著者に報告し、問題が解決されるのを待つことも可能ですが、公開リポジトリにホストされているパッケージは、コードを検査して、自分たちで修正を提案したり、貢献する機会を提供します。 プログラミングスキルを開発する素晴らしい機会であるだけでなく、コミュニティの貢献者はその貢献に対して非常にしばしば認識され、クレジットが与えられます！
このレッスンでは、あなたが以下のことを学びます：
- ソフトウェアパッケージ以外のBioconductorプロジェクトを説明すること。
- 特定のタスクのためのパッケージを見つけるためにBioconductorのウェブサイトをナビゲートすること。
- Bioconductorパッケージをインストールして更新すること。
- パッケージのビネットを開き、それに含まれる例を実行する練習をすること。
- Bioconductorパッケージ全体で再利用される標準クラスとメソッドを特定すること。
- コードを修正し、既存のBioconductorパッケージに貢献すること。
- パッケージの開発者や仲間から助けを得るためのベストプラクティス。
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Ensure that you have the most recent versions of R and RStudio installed on your computer. For detailed instructions on how to do this, you can refer to the section “If you already have R and RStudio installed” in the Introduction to R episode of the Introduction to data analysis with R and Bioconductor lesson.
Additionally, you will also need to install the following packages that will be used throughout the lesson.
R
install.packages(c("BiocManager", "remotes"))
BiocManager::install(c(
"S4Vectors", "Biostrings", "BSgenome",
"BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38.masked",
"GenomicRanges", "rtracklayer", "biomaRt"))
If you are attending a workshop, please complete all of the above before the workshop. Should you need help, an instructor will be available 30 minutes before the workshop commences to assist.