Summary and Schedule
このレッスンでは、Bioconductorプロジェクトの紹介を行います。
Bioconductorプロジェクトを良く理解することは、RとRStudioを用いてオミクスデータの分析と可視化のためにBioconductorパッケージを効率的に使用するための基盤となります。
私たちは、ワークフローを作成し、分析を実行するためにBioconductorおよび他のリポジトリからRパッケージをダウンロードしてインストールします。 そのために、まず分析に関連する利用可能なパッケージを特定し、それらのドキュメントから、著作者が意図した方法で使用するためのベストプラクティスを学びます。 再現性のために、各分析を実行するために使用されるパッケージのバージョンを特定し、追跡することが重要です。
時々、私たちが使用するパッケージにバグが発生することがあります。 バグを著者に報告し、問題が解決されるのを待つことも可能ですが、公開リポジトリにホストされているパッケージは、コードを検査して、自分たちで修正を提案したり、貢献する機会を提供します。 プログラミングスキルを開発する素晴らしい機会であるだけでなく、コミュニティの貢献者はその貢献に対して非常にしばしば認識され、クレジットが与えられます！
このレッスンでは、あなたが以下のことを学びます：
- ソフトウェアパッケージ以外のBioconductorプロジェクトを説明すること。
- 特定のタスクのためのパッケージを見つけるためにBioconductorのウェブサイトをナビゲートすること。
- Bioconductorパッケージをインストールして更新すること。
- パッケージのビネットを開き、それに含まれる例を実行する練習をすること。
- Bioconductorパッケージ全体で再利用される標準クラスとメソッドを特定すること。
- コードを修正し、既存のBioconductorパッケージに貢献すること。
- パッケージの開発者や仲間から助けを得るためのベストプラクティス。
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| Setup Instructions | Download files required for the lesson | |
| Duration: 00h 00m | 1. イントロダクションとセットアップ |
このレッスンのために正しいバージョンのRを使用していますか？ なぜ私のRのバージョンが重要なのですか？ このレッスンで使用されるファイルをどうやって取得しますか？ |
| Duration: 00h 10m | 2. Bioconductorの概要 |
Bioconductorプロジェクトには何が含まれていますか？ BioconductorプロジェクトはCRANリポジトリとどのように関連していますか？ Bioconductorのパッケージを効果的に使用するにはどうすればいいですか？ Bioconductorコミュニティに参加し、コミュニケーションをとるにはどうすればいいですか？ |
| Duration: 00h 20m | 3. Bioconductor パッケージのインストール |
Bioconductor
パッケージをどのようにインストールしますか？ インストールしたパッケージの新しいバージョンが利用可能かどうかを確認するにはどうすればよいですか？ Bioconductor パッケージをどのように更新しますか？ Bioconductor リポジトリから利用可能なパッケージの名前をどのように調べますか？ |
| Duration: 00h 30m | 4. ヘルプを取得する |
どこでオンラインの助けを見つけることができますか？ パッケージの開発者や他のユーザーに質問するにはどこに行けばよいですか？ 特定のパッケージのドキュメントはどこで見つけることができますか？ 複数のパッケージを組み合わせて、一貫したワークフローを学ぶにはどこに行けばよいですか？ |
| Duration: 00h 40m | 5. BioconductorにおけるS4クラス |
S4クラスシステムとは？ BioconductorはS4クラスをどのように使用しますか？ Bioconductorの DataFrameは、基本のdata.frameとどう違うのですか？
|
| Duration: 00h 50m | 6. 生物学的配列の取り扱い |
Bioconductor
で生物学的配列を表現するための推奨される方法は何ですか？ 生物学的配列を効率的に処理するためのメソッドを提供する Bioconductor パッケージはどれですか？ |
| Duration: 01h 00m | 7. Genomics ranges の取り扱い |
Bioconductorでゲノムスケールの座標を表現する推奨方法は何ですか？ ゲノムの範囲を効率的に処理するためのメソッドを提供するBioconductorパッケージはどれですか？ さまざまなゲノムファイル形式から/へのゲノム座標のセットをインポート/エクスポートする方法は？ |
| Duration: 01h 10m | 8. アノテーションの取り扱い |
どのバイオコンダクターパッケージが、遺伝子アノテーションを効率的に取得および使用するためのメソッドを提供していますか？ 異なる遺伝子識別子間を変換するために、遺伝子アノテーションパッケージをどのように使用できますか？ |
| Duration: 01h 20m | 9. SummarizedExperimentクラス |
SummarizedExperimentオブジェクトの情報はどのように整理されていますか？ その情報はどのように追加、編集、アクセスできますか？ |
| Duration: 01h 30m | Finish |
The actual schedule may vary slightly depending on the topics and exercises chosen by the instructor.
Ensure that you have the most recent versions of R and RStudio installed on your computer. For detailed instructions on how to do this, you can refer to the section “If you already have R and RStudio installed” in the Introduction to R episode of the Introduction to data analysis with R and Bioconductor lesson.
Additionally, you will also need to install the following packages that will be used throughout the lesson.
R
install.packages(c("BiocManager", "remotes"))
BiocManager::install(c(
"S4Vectors", "Biostrings", "BSgenome",
"BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38.masked",
"GenomicRanges", "rtracklayer", "biomaRt"))
If you are attending a workshop, please complete all of the above before the workshop. Should you need help, an instructor will be available 30 minutes before the workshop commences to assist.