Summary and Setup

About this course

Prerequisites

  • Familiarity with tabular data and spreadsheets.

  • Veuillez vous assurer d’avoir accès à un tableur, tel que LibreOffice, Microsoft Excel ou Google Sheets.

  • Installez R, RStudio et les packages (voir ci-dessous).

R et RStudio

  • R et RStudio sont des programmes a télécharger séparemment et demandent des installations distinctes. R est l’environnement de calcul statistique; il peut être utilisé seul, mais cela peut être pénible. RStudio est un environnement de développement graphique intégré (IDE) qui rend l’utilisation de R beaucoup plus simple et plus interactive. Vous avez besoin d’installer R avant d’installer RStudio. Après avoir installé les deux programmes, vous devrez installer des packages (paquets) R spécifiques depuis RStudio. Suivez les instructions pour votre système d’exploitation ci-dessous, puis suivez les instructions pour installer des paquets.

You are running Windows


  • Ouvrez RStudio et cliquez sur « Aide » > « Vérifier les mises à jour ». Si une nouvelle version est disponible, quittez RStudio et téléchargez la dernière version de RStudio.

  • Pour vérifier quelle version de R vous utilisez, démarrez RStudio et la première chose qui apparaît dans la console indique la version de R que vous exécutez. Alternativement, vous pouvez taper sessionInfo(), qui affichera également quelle version de R est installée. Allez sur le site Web de CRAN et vérifiez si une version plus récente est disponible. Si c’est le cas, veuillez la télécharger et l’installer. Vous pouvez consulter cette page pour plus d’informations sur la façon de supprimer les anciennes versions de votre système si vous souhaitez le faire.

  • Suivez maintenant les étapes décrites dans les instructions pour tout le monde en bas de cette page.

  • Téléchargez R depuis le site Web CRAN.

  • Exécutez le fichier « .exe » qui vient d’être téléchargé

  • Accédez à la page de téléchargement de RStudio

  • Sous All Installers, sélectionnez RStudio xxxx.yy.zz-uuu.exe - Windows 10/11 (où x, y, z et u représentent les numéros de version)

  • Double-cliquez sur le fichier pour l’installer

  • Une fois installé, ouvrez RStudio pour vous assurer qu’il fonctionne et que vous n’obtenez aucun message d’erreur

  • Suivez maintenant les étapes décrites dans les instructions pour tout le monde en bas de cette page.

Vous utilisez macOS


  • Ouvrez RStudio et cliquez sur « Aide » > « Vérifier les mises à jour ». Si une nouvelle version est disponible, quittez RStudio et téléchargez la dernière version de RStudio.

  • Pour vérifier quelle version de R vous utilisez, démarrez RStudio et la première chose qui apparaît dans la console indique la version de R que vous exécutez. Alternativement, vous pouvez taper sessionInfo(), qui affichera également quelle version de R est installée. Allez sur le site Web de CRAN et vérifiez si une version plus récente est disponible. Si c’est le cas, veuillez la télécharger et l’installer.

  • Suivez maintenant les étapes décrites dans les instructions pour tout le monde en bas de cette page.

  • Téléchargez R depuis le site Web CRAN.

  • Sélectionnez le fichier « .pkg » avec la dernière version de R

  • Double-cliquez sur le fichier téléchargé pour l’installer

  • Ça peut aussi être utile d’installer XQuartz (qui est nécessaire pour certains packages)

  • Accédez à la page de téléchargement de RStudio

  • Sous All Installers, sélectionnez RStudio xxxx.yy.zz-uuu.dmg - macOS 10.15+ (où x, y, z et u représentent les numéros de version)

  • Double-cliquez sur le fichier pour l’installer

  • Une fois installé, ouvrez RStudio pour vous assurer qu’il fonctionne et que vous n’obtenez aucun message d’erreur.

  • Suivez maintenant les étapes décrites dans les instructions pour tout le monde en bas de cette page.

Vous utilisez Linux


  • Suivez les instructions pour votre distribution sur CRAN, elles fournissent des informations pour obtenir la version la plus récente de R pour la plupart des distributions Linux. Pour la plupart des distributions, vous pourriez utiliser votre gestionnaire de paquets (par exemple, pour Debian/Ubuntu, exécutez sudo apt-get install r-base, et pour Fedora sudo yum install R), mais nous ne recommandons pas cette approche car les versions fournies par ces gestionnaires sont généralement obsolètes. Dans tous les cas, assurez-vous d’avoir au moins R 4.2.0.
  • Accédez à la page de téléchargement de RStudio
  • Sous All Installers, sélectionnez la version qui correspond à votre distribution et installez-la avec votre méthode préférée (par exemple, avec Debian/Ubuntu sudo dpkg -i rstudio-xxxx.yy.zz-uuu-amd64.deb sur le terminal).
  • Une fois installé, ouvrez RStudio pour vous assurer qu’il fonctionne et que vous n’obtenez aucun message d’erreur.
  • Suivez maintenant les étapes dans les instructions pour tout le monde

Pour tout le monde

Après avoir installé R et RStudio, vous devez installer quelques packages qui seront utilisés pendant l’atelier. Pendant le cours, nous verrons en détail comment installer des packages et les commandes ci-dessous. Pour l’instant, suivez simplement les instructions ci-dessous :

  • Démarrez RStudio en double-cliquant sur l’icône puis tapez :

R 

install.packages(c("BiocManager", "remotes"))
BiocManager::install(c("tidyverse", "SummarizedExperiment", "hexbin", "patchwork", "gridExtra", "lubridate"))