课程概述与日程

关于本课程

先决条件

先修要求

熟悉表格数据和电子表格。

课前准备说明下载课程所需文件

Duration: 00h 00m 1. 使用电子表格组织数据如何整理表格数据？

Duration: 01h 00m 2. R 和 RStudio 什么是 R 和 RStudio？

Duration: 01h 30m 3. R 入门 R 的初步命令

Duration: 03h 30m 4. 从数据开始 R 语言中的初步数据分析

Duration: 04h 30m 5. 使用 dplyr 处理和分析数据使用 tidyverse 元包进行 R 数据分析

Duration: 07h 00m 6. 数据可视化 R 中的可视化

Duration: 09h 00m 7. 后续步骤什么是 SummarizedExperiment？
什么是 Bioconductor？

Duration: 10h 30m 完成

实际日程可能因讲师选择的主题和练习而略有变化。

请确保已准备好电子表格编辑软件，例如 LibreOffice、Microsoft Excel 或 Google Sheets。
安装 R、RStudio 和所需的包（见下文）。

R 和 RStudio

R 和 RStudio 需要分别下载和安装。R 是底层的统计计算环境，但单独使用 R 并不有趣。RStudio 是一个图形化集成开发环境（IDE），让 R 的使用更加便捷，交互也更加方便。安装 RStudio 前，需要先安装 R。安装好这两个程序后，还需要在 RStudio 中安装一些特定的 R 包。请按照下方适用于您操作系统的说明进行操作，然后按照说明安装所需的包。

Windows 用户

如果已经安装了 R 和 RStudio

打开 RStudio，点击 “Help” > “Check for updates”。如果有新版本，请退出 RStudio，然后下载最新版本的 RStudio。
要查看正在使用的 R 版本，请启动 RStudio，控制台最先显示的信息中会包含当前的 R 版本。也可以输入 sessionInfo()，该命令同样会显示正在运行的 R 版本。请访问 CRAN 网站，查看是否有更新版本。如果有，请下载并安装。如果想从系统中删除旧版本，可以在此查看相关说明。
按照本页底部所有用户一节中的步骤操作。

如果尚未安装 R 和 RStudio

从 CRAN 网站下载 R。
运行刚刚下载的 .exe 文件。
访问 RStudio 下载页面。
在 All Installers 下选择 RStudio xxxx.yy.zz-uuu.exe - Windows 10/11（其中 x、y、z 和 u 表示版本号）。
双击该文件进行安装。
安装完成后，打开 RStudio，确认它可以正常运行，且没有出现错误信息。
按照本页底部所有用户一节中的步骤操作。

macOS 用户

如果已经安装了 R 和 RStudio

打开 RStudio，点击 “Help” > “Check for updates”。如果有新版本，请退出 RStudio，然后下载最新版本的 RStudio。
要查看正在使用的 R 版本，请启动 RStudio，终端最先显示的信息中会包含当前的 R 版本。也可以输入 sessionInfo()，该命令同样会显示正在运行的 R 版本。请访问 CRAN 网站，查看是否有更新版本。如果有，请下载并安装。
按照本页底部所有用户一节中的步骤操作。

如果尚未安装 R 和 RStudio

从 CRAN 网站下载 R。
选择最新 R 版本的 .pkg 文件。
双击下载的文件以安装 R。
还建议安装 XQuartz（某些包需要使用它）。
访问 RStudio 下载页面。
在 All Installers 下选择 RStudio xxxx.yy.zz-uuu.dmg - macOS 10.15+（其中 x、y、z 和 u 表示版本号）。
双击该文件以安装 RStudio。
安装完成后，打开 RStudio，确认它可以正常运行，且没有出现错误信息。
按照本页底部所有用户一节中的步骤操作。

Linux 用户

使用包管理器安装 R，并安装 RStudio

请按照 CRAN 上适用于您发行版的说明操作。其中介绍了如何为常见发行版获取最新版本的 R。对于大多数发行版，也可以使用包管理器（例如，在 Debian/Ubuntu 上运行 sudo apt-get install r-base，在 Fedora 上运行 sudo yum install R），但我们不推荐这种方法，因为通过这种方式提供的版本通常已经过时。无论使用哪种方式，请确保 R 版本至少为 4.2.0。
访问 RStudio 下载页面。
在 All Installers 下选择与您发行版匹配的版本，然后使用您偏好的方式安装（例如，在 Debian/Ubuntu 上，可以在终端中运行 sudo dpkg -i rstudio-xxxx.yy.zz-uuu-amd64.deb）。
安装完成后，打开 RStudio，确认它可以正常运行，且没有出现错误信息。
按照所有用户的说明操作。

所有用户

安装 R 和 RStudio 后，还需要安装本次工作坊中使用的一些包。我们也会在课程中学习如何安装包，并解释下列命令。现在，请先按照以下说明操作：

双击图标启动 RStudio，然后输入：

R

install.packages(c("BiocManager", "remotes"))
BiocManager::install(c("tidyverse", "SummarizedExperiment", "hexbin",
                       "patchwork", "gridExtra", "lubridate"))