イントロダクションとセットアップ

  • 参加者は、このレッスンで説明されているBioconductorパッケージのバージョンをインストールし、その出力を正確に再現するには、正しいバージョンのRを使用する必要があります。
  • このレッスンで使用されるファイルは、Rセッションから簡単にアクセスできるローカルパスにダウンロードする必要があります。

Bioconductorの概要

  • R パッケージは Bioconductor プロジェクトの一側面に過ぎません。
  • Bioconductor プロジェクトは CRAN リポジトリを拡張し、補完します。
  • 異なる種類のパッケージは、ソフトウェアだけでなく、アノテーション、実験データも提供し、統合されたワークフローで複数のパッケージの使用方法を示します。
  • Bioconductor パッケージ間の相互運用性は、統合ワークフローの作成を容易にし、ユーザーの認知的負担を最小限に抑えます。
  • コースや会議の教育資料はアーカイブされ、Bioconductor ウェブサイトと YouTube チャンネルでアクセス可能です。
  • 異なるコミュニケーションのチャネルを使用して、コミュニティのメンバーが会話し、ユーザーとパッケージ開発者の両方として互いに助け合います。
  • Bioconductor プロジェクトは、科学、技術、諮問の各委員会および行動規範委員会によって運営されています。

Bioconductor パッケージのインストール

  • BiocManager パッケージは CRAN リポジトリから利用可能です。
  • BiocManager::install() は、Bioconductor パッケージ (CRAN および GitHub からも) のインストールと更新に使用されます。
  • BiocManager::valid() は、利用可能なパッケージの更新をチェックするために使用されます。
  • BiocManager::version() は、現在インストールされている Bioconductor のバージョンを報告します。
  • BiocManager::install() は、特定の Bioconductor のバージョンに対して R ライブラリ全体を更新するためにも使用できます。

ヘルプを取得する

  • browseVignettes()関数は、各パッケージにインストールされているビネットにアクセスするために推奨されています。
  • ビネットはBioconductorウェブサイトでもアクセスできますが、パッケージバージョン間の違いには注意してください！
  • Bioconductorメインウェブサイトには一般情報、パッケージドキュメント、コース資料が含まれています。
  • Bioconductorサポートサイトは、開発者に連絡し、質問をすべて行うために推奨される場所です。

BioconductorにおけるS4クラス

  • S4クラスはスロットに情報を保存し、オブジェクトが更新されるたびに情報の有効性を確認します。
  • S4オブジェクトの継続的な整合性を確保するために、ユーザーはスロットに直接アクセスせず、専用の関数を使用する必要があります。
  • S4ジェネリックは、与えられたオブジェクトのクラスに応じてメソッドの異なる実装を呼び出します。
  • S4クラスDataFrameは、data.frameの基本機能を拡張しており、メタデータ列の各列に関する情報を保持できる能力を持っています。
  • S4クラスRleは、基本のvectorの機能を拡張しており、メモリ効率の良い形式で繰り返しベクターをエンコードする能力を持っています。

生物学的配列の取り扱い

  • Biostrings パッケージは、ヌクレオチドおよびアミノ酸の配列を表すクラスを定義します。
  • Biostrings パッケージは、生物学的配列を効率的に処理するためのメソッドも定義します。
  • BSgenome パッケージは、さまざまなモデル生物のゲノム配列を、Bioconductor オブジェクトとして即座に利用できるように提供します。

Genomics ranges の取り扱い

  • GenomicRangesパッケージは、ゲノムスケールでの座標の範囲を表すクラスを定義します。
  • GenomicRangesパッケージは、ゲノム範囲を効率よく処理するためのメソッドも定義します。
  • rtracklayerパッケージは、一般的なゲノムファイル形式からゲノム範囲をインポートおよびエクスポートするための関数を提供します。

アノテーションの取り扱い

  • Bioconductor は幅広いアノテーションパッケージを提供します。
  • いくつかの Bioconductor ソフトウェアパッケージは、オンラインリソースにプログラム的にアクセスするために使用できます。
  • ユーザーは、自分のニーズと期待に基づいてアノテーションのソースを慎重に選択するべきです。

SummarizedExperimentクラス

  • SummarizedExperimentクラスは、アッセイデータとメタデータの両方を保存するための単一のコンテナを提供します。
  • アッセイデータとメタデータは、サブセット化と再配置の操作を通じて同期が保たれます。
  • SummarizedExperimentオブジェクトのさまざまなコンポーネントに保存された情報にアクセスしたり、追加したり、編集したりするための包括的な関数セットが利用可能です。